울산 버스운송사업조합에 따르면 지난 8월부터 용역을 실시한 결과 지난 2006년 12월 17일 버스요금 인상 후 지금까지 천연가스 요금잉 28.8%나 올랐고 해마다 인건비가 2~3%, 각종 부품비용이 5~10%, 소비자 물가가 3~4% 상승하는 등 해마다 상승하는 운송원가 때문에 불가피하다고 밝히고 있다. 그러나 지역 시민단체들은 울산시의 버스업계 재정지원이 올해는 170억원, 내년에는 185억원으로 증가한데다 이 가운데 무료환승 운임보전 또한 올해 107억원에서 내년에는 125억원으로 증가하기 때문에 요금인상 불가피론은 핑계에 불가하는 입장이다.

또한 버스업체들이 스스로 적자부분에 대한 자구 노력도 하지 않고 일방적으로 요금인상안을 결정하는 것은 시민을 무시한 무책임한 처사라고 강력하게 반발하고 있다. 이에 대해 울산시는 조합의 인상안에 대한 검증과 대중교통개선위원회, 물가대책위원회의 심의를 거쳐 내년 초에 결정한다는 입장이지만 일방적으로 요구하면 퍼주는 식의 행정은 더 이상 묵과할 수 없다는 것이 시민단체들의 입장이다.

부산시에 이어 울산시의 버스 요금 인상이 문제가 되고 있는 상황에서 서울시에는 만성적자를 기록하고 있는 시내버스회사의 임원들 연봉이 억대를 받는 것으로 드러나 문제가 되고 있다. 서울시의회 남재경 의원은 지난 16일 가진 기자회견에서 "서울시에서 받는 보조금을 받는 66개 버스업체 중 63개 업체가 지난 해 적자를 기록했지만 임원들의 연봉은 평균 1억원에 달했다"며 "임원 연봉은 5억원 이상이 1명, 2억~5억원이 2명, 1억~2억원이 25명이었으며 나머지는 1억원에 육박해 전체 버스 회사 임원 206명이 받는 금액이 206억원에 달했다"고 밝혔다.

이의원은 또 "지난 해 버스 회사가 받은 관리직 임금 보조금은 560억원인데 실제 지급한 금액은 430억원에 그친다"며 보조금의 전용 의혹도 제기했다. 그는 "보조금은 지급하는 기준이 되는 표준운송원가를 재조정하고 임의로 사용된 보조금은 회수하거나 다음해 예산에서 삼각하는 방식으로 감독과 제재를 할 수 있도록 제도를 정비해야 한다"고 주장했다.